Для простых схем использую старый добрый Лайоут. Для схем посложнее и каких-то "своих" конструкций в последнее время использую
Eagle. Есть автотрассировщик, но им практически не пользуюсь. Очень удобная штука - подсветка соединений при разводке самой платы, вероятность ошибки сводится практически к нулю (если правильно нарисована схема). Плата разводится по предварительно нарисованной схеме, для это есть редактор схем. Есть редактор библиотек, можно создавать свои элементы. Очень много настроек связанных с взаимным расположением "пятачков" на печатной плате.
Вот видео, правда на английском.